非公開設定しているコンテンツも動画保存容量に含まれますか？

はい、含まれます。
保存容量が1024GBを超えそうな場合には、非公開設定しているコンテンツを管理サイトからダウンロードしていただく等して保存した上で削除していただきますようお願いいたします。