ライブ配信を行う際に、エンコーダー~サーバー間の暗号化はなされていますか?

エンコーダー~サーバー間の通信を暗号化することは可能です。
エンコーダー~サーバー間の通信はrtmpプロトコルでの通信となりますので、基本的には暗号化されていませんが、エンコーダーに設定する「接続先URL」を変更することで暗号化することが可能です。
上記は使用するエンコーダーによって対応・非対応が異なりますが、弊社推奨のLiveshell.X、OBS Studioは対応していることを確認しています。

詳しい設定方法はこちらのページをご覧ください。